Der Theologe und Physiker wurde am 27. September 1938 in Bremen als Pfarrerssohn geboren. Nach dem Abitur studierte Denkhaus evangelische Theologie und absolvierte sein Vikariat bei dem späteren rheinischen Präses Karl Immer (1916-1984) in Duisburg. Am 6. Dezember 1964 wurde Dr. Denkhaus ordiniert. Er ließ sich beurlauben zum Studium der Physik. Danach arbeitete er zunächst als Studentenpfarrer in Aachen und Jülich und promovierte im Bereich der Festkörperphysik.
Denkhaus war dann acht Jahre Pfarrer in Düsseldorf-Reisholz, zwanzig Jahre Gemeindepfarrer in Velbert. 1978 erhielt Denkhaus eine nebenamtliche Beauftragung für den Bereich „wissenschaftlich-technische Energieprobleme und ihre theologischen Aspekte“ in der Evangelischen Kirche im Rheinland (EKiR) und wurde Beauftragter für Energiefragen seiner Kirche. 1979 war Denkhaus Mitverfasser einer kirchlichen Arbeitshilfe zur friedlichen Nutzung der Kernenergie.
Ab 2001 arbeitete Denkhaus auch ehrenamtlich bei German Watch mit, wo er als Verfasser des Grundlagenpapiers „Erneuerbare Energien – eine Chance für ländliche Gebiete des Südens“ tätig war. Von 2003 bis 2012 war Ulrich Denkhaus Mitglied und Einberufer im Ausschuss für Schöpfungsverantwortung und Umweltfragen sowie Synodalbeauftragter für Schöpfungsverantwortung der Kirchenkreise Braunfels und Wetzlar. Der Theologe hinterlässt seine Frau und zwei Töchter.
Denkhaus war integer und glaubwürdig, betonte der Assessor des Kirchenkreises Wetzlar, Jörg Süß. „Er lebte, was er verkündete, und war ein guter Seelsorger und tiefschürfender Prediger. Nicht nur die Impulse in Fragen des konziliaren Prozesses bleiben, sondern sein Lebenszeugnis strahlt auch nach seinem Tod noch aus.“